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Shinichi Kudo est élève de première, pour avoir résolu plusieurs enquêtes difficiles, beaucoup le considèrent comme "l'aide la plus précieuse de la police japonaise". Un jour, alors qu'il se promenait avec sa petite amie Ran Mouri, il fait la rencontre d'étranges hommes vêtus de noir. Par curiosité et intuition, Shinichi les suit et comprend que ce sont des maîtres chanteurs. Découvert, on lui fait boire un poison expérimental pour le faire taire et l'effet est inattendu : il rajeunit de 10 ans et se retrouve donc dans un corps de 6 ans. Aidé par son voisin, le docteur Agasa, un inventeur génial et farfelu, il décide de partir à la recherche de l'organisation secrète dont il a été victime. Il cache sa véritable identité sous le pseudonyme de Conan Edogawa, et se réfugie chez Ran, dont le père est détective. Shinichi fait de Mouri, un célèbre détective, en résolvant à sa place des affaires très difficiles, dans le but de retrouver la trace des hommes en noir.